FortiGate firewall, web tabanlı bir kullanıcı arayüzü veya CLI (komut satırı arayüzü) üzerinden yönetilebilir. Kullanıcılar, FortiGate arayüzüne giriş yaptıktan sonra güvenlik politikalarını, kullanıcı ayarlarını ve izleme bilgilerini yönetebilirler.